@JUNP_Nです。OS X El Capitanでは自動でシステムファイルを保護してくれるため、不要になったディスクユーティリティの「アクセス権の検証/修復」ですが、どうしても手動でやらないと気がすまないという人はMacの定番ユーティリティ/メンテナンスアプリ「Onyx」で行うことができますよ！
OS X El Capitanではディスクのアクセス権の検証/修復はユーザーが行う必要はない
「OS X El Capitan」ではシステムファイルは自動的に保護してくれる仕様に変更され、ディスクユーティリティから「アクセス権の検証/修復」という項目が消えました。
消えたということは、ユーザーが自分で行う必要がなくなったということなのですが、今まで定期的に手動で行ってきたMacユーザーとしては手動で行いたいという気持ちも...。
どうしても「アクセス権の検証/修復」を手動でやりたいという人は方法がないわけではありません。
それでもアクセス権の検証を自分でやりたいという人はMac定番のユーティリティアプリ「Onyx」で可能
Macユーザーには定番のユーティリティ/メンテナンスアプリ「Onyx」（無料）が「ディスクのアクセス権の検証/修復」に対応しています。
Onyx以外にも対応しているユーティリティ/メンテナンスアプリはありますが、どうしても手動でという方はまずOnyxをダウンロードしてみてはいかがでしょうか。